南京財經(jīng)大學研究生教育始于2004年，經(jīng)過十多年的發(fā)展，研究生規(guī)模不斷擴大，目前具有經(jīng)濟學、法學、文學、理學、工學、管理學等多個碩士學位授予門類。學校擁有碩士生導師450余名，在校研究生2300余人。2013年學?！冬F(xiàn)代糧食流通產(chǎn)業(yè)發(fā)展與政策人才培養(yǎng)項目》通過國務院學位委員會審批，開始招收應用經(jīng)濟學一級學科博士研究生，目前在校博士研究生16人。至此，我校基本形成一個從碩士到博士，從學術型到應用型，從全日制到非全日制MBA、MPA、MPACC等多層次的完整的研究生教育體系。
2017年10月，成立南京財經(jīng)大學研究生院。截至2017年10月，我校共授予博士學位4名，碩士學位4489名。
